分子標記是以個體間核苷酸序列變異為基礎的一種遺傳標記，能直接地反映DNA水平的遺傳變異。
目前分子標記技術已經發展了三代，第一代分子標記技術（基于分子雜交技術）以限制性片段長度多態性（RFLP）為代表，第二代分子標記技術（基于PCR技術）以簡單重復序列（SSR，又稱微衛星DNA）為代表，第三代分子標記技術（基于測序技術）以單核苷酸多態性（SNP）為代表。
第一代RFLP分子標記技術存在周期長、成本高、實驗步驟多等局限，目前已基本被淘汰。第二代SSR分子標記是最常用的分子標記技術，具有多態性高、分布廣泛、共顯性等特點，廣泛應用于抗性育種、作物品種鑒定、種質資源遺傳多樣性分析等方面。第三代SNP分子標記技術具有數量多、變異來源豐富等優勢，適用于大量標記的高通量基因分型，在遺傳圖譜構建、生物多樣性檢測、種質資源DNA指紋分析等領域發揮著重要作用。
根據新思界產業研究中心發布的
《2025-2029年分子標記行業市場供需現狀及行業經營指標深度調查分析報告》顯示，品種純度、真實性及品質是保障農業生產的關鍵要素，我國是農業生產大國，中藥材、農產品、畜禽等品種鑒別需求旺盛。分子標記作為探索植物遺傳變異、開展品種鑒別研究的重要工具，市場空間不斷擴大。
近年來，分子標記技術標準化進程也在不斷推進，目前已有多個行業標準可供參考進行品種鑒定，以玉米為例，相關標準包括T/CROPSSC 002-2023《玉米品種純度鑒定：InDel分子標記法》、T/YNBX 043-2022《玉米品種鑒定技術規程 SSR分子標記法》、NY/T 3750-2020《玉米品種純度鑒定SSR分子標記法》等。
目前分子標記技術已經廣泛應用于水稻、高粱、甜瓜、大蔥、萵苣、蘿卜、苦瓜、玉米、番茄等作物的品種鑒定中。國內可提供分子標記技術及服務的企業及機構眾多，包括北京中生柏奧生物科技有限公司、中玉金標記（北京）生物技術股份有限公司、華智生物技術有限公司、南京集思慧遠生物科技有限公司等。
新思界
行業分析人士表示，近年來，隨著分子生物學技術發展，分子標記技術在農作物品種鑒定、抗性育種、遺傳圖譜構建、生物多樣性檢測等領域應用越來越廣泛，市場空間不斷擴大。分子標記技術在不斷優化升級中，MNP（多核苷酸多態性）、mtSSR（線粒體簡單重復序列）等新型分子標記技術逐漸涌現出來，其中MNP（多核苷酸多態性）標記檢測準確率可達到99.98%以上。
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